Séminaire BIS2 - Étienne Becht, Centre de recherche sur l’inflammation (Paris)

Quand

• jeudi 1 octobre à 14:00 → 15:00

Où

Salle Archipel des Glénan - Bâtiment 4 - IGDR, 2 avenue du professeur Léon Bernard, Rennes, Rennes

En quelques mots

Démystifier l'UMAP pour l'analyse Single-Cell

L' Uniform Manifold Approximation and Projection (UMAP) est une méthode de réduction de dimensionnalité non linéaire (NLDR) largement utilisée. En recherche biologique, elle a trouvé des applications dans divers domaines, tels que la génomique, le profilage du microbiote et la spectrométrie de masse, mais son utilisation la plus courante concerne les analyses monocellulaires, comme les données de séquençage de l'ARN de cellules individuelles (scRNA-seq) ou la cytométrie en flux. La popularité de l'UMAP, couplée à la nature qualitative et donc intrinsèquement difficile à interpréter de ses résultats, a suscité plusieurs controverses concernant son utilité, son originalité et ses fondements mathématiques. Afin d'aider le public à se forger une opinion éclairée sur ces sujets, nous situerons l'UMAP dans l'histoire récente des méthodes NLDR, en expliquant ses liens avec d'autres approches comme le t-SNE ou ForceAtlas , ses différences avec d'autres classes de méthodes NLDR telles que les Diffusion Maps , ainsi que ses connexions avec les méthodes de clustering couramment utilisées. Nous aborderons également l'interprétation des plongements UMAP dans le contexte des analyses scRNA-seq.